機械帝國三部曲分為火星時代、機械大帝和創(chuàng)世神話三部分。分別描述了火星時代人類星級文明的誕生、遭遇機械大帝的挑戰(zhàn)以及現(xiàn)代文明火種在遠古時代的再生、延續(xù)等等。
“北漂族”、軟件工程師劉元，年近而立偶遇一位名叫白卉的美麗女孩子，并很快確立了戀愛關(guān)系。但奇怪的是，不久白卉就神秘失蹤了。為了打聽白卉的下落，他千里迢迢來到了白卉的家鄉(xiāng)——遙遠的**。卻在那里邂逅了另一位名叫迪里拜的神秘女子。在迪里拜，也就是他來自未來的妻子——李芷的幫助下，返京后他建立起了以人工智能、星際探索、生物工程為主業(yè)的跨國高科技帝國——賽因斯公司，在南太平洋購買了一座島嶼——賽因斯島作為公司總部所在地，通過星際貿(mào)易獲得了滾滾利潤。
就在賽因斯公司**之際，劉元無意中得窺白卉身后的陰謀：白卉是一名來自于未來世界的時空間諜，前往監(jiān)視同樣來自未來的前機械帝國皇帝王舜。王舜通過腦移植消滅了生物機器人白卉后，以提供排異反應(yīng)藥物要挾何杰按照機械大帝的指令去接近劉元，并設(shè)法獲取賽因斯公司的控制權(quán)。
但何杰最終選擇了背叛王舜后加入賽因斯公司，在被王舜找到后自*。由于脫離**太久，何杰的大腦最終只能被置于火星社會新研發(fā)的虛擬時空之中。
李芷迷失于時空后，劉元按照李芷的授意，找到了記者李未，將他邀請至賽因斯公司工作，李未結(jié)識Z星人公主愛麗絲后，設(shè)法獲得時空隧道的秘密。最終，能夠進行時空預(yù)言的李未成為了火星第二任CEO。
考入火星**學(xué)院的曹喆，在完善了超級戰(zhàn)甲技術(shù)后，成為火星軍隊在星際戰(zhàn)爭中的不敗戰(zhàn)神，帶領(lǐng)星際特種部隊，擊敗了原星際霸主Z星人，最終繼任火星第三任CEO，并于不久后戰(zhàn)死星際沙場。
火星星際物聯(lián)網(wǎng)的建成，以及火星人工智能的廣泛應(yīng)用，使得置于虛擬時空的何杰大腦在設(shè)法獲取權(quán)限后，成為了火星星際物聯(lián)網(wǎng)及國防網(wǎng)的實際操控者，成為了火星現(xiàn)實世界的超級***，最終授權(quán)生物機器人發(fā)動了最后之戰(zhàn)，擊敗火星軍隊后建立了機械帝國。
機械帝國建立后，由于生物機器人的社會地位從屬于人工智能。機械帝國皇帝王舜出于同情私自釋放了被囚禁于虛擬時空的時空戰(zhàn)士李芷，因而被機械大帝廢黜后送回了2019年的地球時代。
時空戰(zhàn)士李芷回到火星后，利用時空隧道發(fā)現(xiàn)了機械帝國的防御漏洞，幫助火星抵抗軍最終擊敗機械帝國，人類社會再次成為星際時代霸主。而因時空沼澤滯留于遠古時代的李芷則幫助當(dāng)時的原始人重建文明，成為他們口口相傳的創(chuàng)世女神。